我不知道法律是如何规定的，我身边的例子就是公司每月会有事假和病假的限定天数，病假在天数内不扣工资，事假要扣一半工资，如果生病病假不够用，就用事假。但如果是题主说的这种需要长期治疗的，可能是给基本工资吧。具体的题主还是要咨询下专业人士。

职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。