经济学组织结构理论从经济学的角度，探究了组织结构发展呈现新趋势的深层原因，其中较有影响的是詹森和麦克林的委托代理理论，以及威廉姆森的交易费用理论。

针对组织中所有权与经营权分离的事实及由此引发的问题，委托代理理论通过一些数学模式和实证论述，分析了委托人如何才能以最小的代价，使作为代理人的经营者愿意为委托人的目标和利益而努力工作，这一理论分析对于现代企业组织内部激励机制的设计具有非常重要的意义。

交易费用理论以经济组织为研究对象，以交易为基本分析单位。交易费用是指一切不直接发生在物质生产过程中的成本。所有的组织协调和管理费用都是交易成本。

要使组织和管理活动达到节省、经济的目的，经济制度的安排(规制结构)需要朝着使组织管理资源的成本降至最低的方向变化。组织结构呈现为虚拟结构、网络关系模式和内部市场模式的根本原因在于，企业降低交易费用的本质要求。当组织规模不断膨胀，内部管理层次增加，使得组织内部沟通控制等交易费用大大提高，超过了组织能够降低的市场交易费用时，也就意味着达到了理论上的“企业的效率边界”，组织就将面临解散或改组。